분야별 논문보기
APP별 논문보기
- 2d_comp_p
- 2d_continuum_analysis
- 2d_incomp_p
- 2d_yuibm_1
- 3d_electrophysiology_humanhf
- brownian_dynamics
- caffeineedison
- cnt_fet
- cr2d_dyn
- cr2d_st
- csd_elast
- csd_eplast
- dock
- dpd_linear_polymer
- edava
- edisondesigner
- edwave2d
- eklgcmc2
- emega
- galaxytbm
- galaxydock
- galaxyrefine
- galaxytbm
- gamess
- ksec2d_ae
- ksec2d_wm
- lcaodftlab
- m-sketch
- nanowire_fet
- plate_shell_analysis
- pnjunclab
- sfe_calc
- sfe_calc_v2
- solarcell
- solv_freee
- tb_em_negf
- tb_em_negf_tmd
- tb_em_nw
- utb_fet
QM MM-MD 방법을 이용한 용액 속에서의 Potssium Thiocyanate의 Association Dissociation Dynamics 연구
QM MM-MD 방법을 이용한 용액 속에서의 Potssium Thiocyanate의 Association Dissociation Dynamics 연구

경진대회: 계산화학 계산화학 » 3회 경진대회
버전 1.0
본 논문에서는 양자 역학적 분자 동역학(Quantum Mechanical/Molecular Mechanical Molecular Dynamics, QM/MM-MD)을 통해 수용액에 녹아 있는 Potassium Thiocyanate의 dynamics를 연구했다. Umbrella sampling technique을 활용하여 association/dissociation에 해당하는 Free energy surface를 구했다. 두 개의 Free energy minimum이 녹아 있는 두 이온의 center of mass 사이의 거리가 4Å일 때와 5~6Å부근일 때 나타났으며 4Å일 때 더 안정 했다. 본 논문에서는 4Å일 때를 Contact Ion Pair(CIP) 6Å일 때를 Dissociation In Pair(DIP)라고 칭했다. 이 minimum들이 무엇인 지를 밝혀내기 위해 추가 연구를 수행하였다. Free energy 상에서 가장 안정 할 때(CIP)solute인 Potassium thiocyanate의 구조를 살펴봤더니 Potassium ion은 Thiocyanate ion의 Sulfur보다 Nitrogen side를 선호하였다. 그 원인을 알아보기 위해 salvation shell의 구조를 Radial distribution function을 통해 살펴 봤더니 물 분자가 Nitrogen보다 Sulfur와 더 강한 상호작용을 하고 있었다. 그로 인해 Potassium ion이 Nitrogen을 선호한단 결과가 나온 것이다. 한편, 두 번째 minimum은 물 분자가 Potassium 이온과 Thiocyanate 이온 사이에 flexible하게 bridging을 하는 구조였다. 또한 단순 양자 계산을 통해서도 비슷한 구조를 얻을 수 있었다. 그러나 QM계산은 0K에서 수행하는 것이기 때문에 엔트로피 효과가 없는 계산이지만 본 연구는 온도 300K로 실제 용매와 가깝게 수행함으로써 고정되어 있는 구조가 아니라 엔트로피와 엔탈피가 균형적으로 존재하는 실제 용액 속에서의 구조를 처음으로 보여주는 것이다.
